本发明公开了一种高效提高百合功能性成分酚酸和黄酮含量的方法，将百合鳞片剥离清洗干净，晾干表面多余水分，得到处理材料；将茉莉酸甲酯与水充分混合，得到处理溶液，处理溶液浓度为50μM‑200μM；将处理材料加入到处理溶液中，浸泡30分钟；将浸泡后的处理材料于对应浓度茉莉酸甲酯氛围保湿，储存在室温条件下培养一定时间。本发明提供了一种用简单高效提高百合有效成分及生物活性的方法，利用茉莉酸甲酯对百合鳞片进行处理，可提高百合鳞茎中有效成分含量，而且可提高百合鳞茎提取物抗氧化活性，增强百合鳞茎提取物抑菌活性，为提高百合有效成分含量、增强百合保健与药用功效，利用茉莉酸甲酯处理提供了一种简单有效的方法。