本发明提供了肉苁蓉总苷及松果菊苷在制备用于预防和治疗酒精性肝损伤伴肠道损伤和调节肠道菌群的药物中的应用。药理实验结果表明，在酒精性肝损伤小鼠模型中，肉苁蓉总苷及松果菊苷能够减轻小鼠肝脏组织形态损伤，降低小鼠肝脏的脂质沉积，降低小鼠肝脏谷丙转氨酶(ALT)和谷草转氨酶(AST)含量，减轻小鼠肝脏的氧化损伤，减少内毒素等有害物质对肝脏的损害，同时还能够减轻小鼠小肠组织形态损伤，改善肠壁绒毛完整性，以及调节肠道菌群紊乱。由此可见，本发明具有开发成一种能够同时保护酒精性肝损伤和酒精性肠道损伤的药物的前景，有重要的临床意义和商业价值。