本发明公开了一种冻土微生物采集收纳装置及方法，释放悬臂，悬臂受重下移，钻井组件垂直向下打井破土，且冻土隔离组件与钻井组件同步下移以将钻井组件破碎的冻土隔离防交叉污染；钻井组件下移最深位置停止转动，将冻土隔离组件与钻井组件的动力组件连接，利用钻井组件的旋转曲轴带动冻土隔离组件旋转，利用动力组件驱动冻土隔离组件上的冻土收纳点张开；停止钻井组件的动力组件转动，且在冻土隔离组件惯性旋转过程中，动力组件驱动冻土隔离组件上的冻土收纳点闭合；提升悬臂，带动钻井组件和冻土隔离组件同步上移，完成冻土采集归纳；本发明在冻土钻井破碎的过程中实现冻土及其内部微生物的采集收纳工作，提高效率，避免冻土微生物交叉污染。