本发明涉及一种盐碱地综合治理系统及其治理方法，涉及盐碱地治理技术领域。盐碱地综合治理系统包括过滤总管、与过滤总管连接的若干个过滤单元以及控制器，通过获取盐碱地盐含量，并根据该盐含量确定注水量，并在确定完成时，埋设过滤总管和过滤单元，在埋设完成时，通过控制器控制各分泵向盐碱地注水以及向过滤单元输送吸附材料和中和材料以过滤盐碱地的盐分，当过滤单元过滤出盐水混合物时，计算过滤单元的过滤效率和确定盐含量变化量的检测周期，根据计算的过滤效率和盐含量变化量判定盐碱地治理是否完成，在治理未完成时，对注水量和/或吸附层的吸附材料和/或中和层的中和材料质量调节，提高了对盐碱地盐分的过滤效率。