本发明涉及药物分析和质量控制领域，具体地是公开了一种玉米油不皂化物指纹图谱的检测方法及其标准指纹图谱以及应用；所述检测方法包括括供试品溶液的制备、对照品溶液的制备、色谱条件和GC测定：得到色谱图后，从该图谱中选择重现性良好、峰面积占比较大的有效成分色谱峰作为特征峰，进而建立标准指纹图谱。在应用时，选取“峰面积相对比值”和“相对保留时间”这两个核心参数，按照一定计算方法得出样品色谱图与标准指纹图谱的相似程度，从而确定样品与标准指纹图谱的一致性。该检测方法及标准指纹图谱最终可作为一种有效的质量控制手段，用于鉴别玉米油不皂化物产品的真伪优劣，可防止掺假。