本申请涉及一种船舶废气处理系统，涉及废气处理的领域，其包括喷淋塔、储存箱、微生物箱和反应箱，喷淋塔上设有进气口和出气口，喷嘴通过第一管道与储存箱连通，微生物箱与喷淋塔通过第二管道连通，微生物箱上设置有菌液箱，微生物箱和储存箱之间通过第三管道连通；反应箱通过进气管道与微生物反应箱连通。喷嘴喷出碱液，碱液与废气中的SO_x发生化学反应，从而减少了废气中的SO_x，然后将喷淋塔内的液体输送至微生物箱内，接着将硫酸盐还原菌菌液送入微生物箱内反应产生硫化氢，硫化氢进入反应箱内与氧化反应液反应得到单质硫沉淀，从而可对废气进行一定的有效利用，减少了资源浪费，具有一定的环保和节能效果，并降低了废气处理的成本。