本发明公开了一种原位收集根际和非根际土壤的多功能采集装置，包括用于盛放植物主根系的第一弹性管道，第一弹性管道上设有盛放侧根系的第二弹性管道，第一弹性管道和第二弹性管道的另一端均设有透水透气膜，第一弹性管道的管壁内设有若干具有输水和抽吸土壤功能的连通机构，不同的连通机构与第二弹性管道的管壁一一对应并相连通，第二弹性管道的管壁内设有空腔，空腔内设有与之相连的环形隔板，环形隔板将空腔分为容纳腔和延伸腔，连通机构分别与容纳腔和延伸腔相连通，第二弹性管道的端部设有第一通孔，第一通孔与延伸腔相连通，第一弹性管道和所述第二弹性管道的外周设有弹性层，本装置能够随着植物根系生长进行同步包裹并快速实现无损取样。