本发明涉及一种治疗肠化生的中药组合物、制备方法和应用，属于中药制剂技术领域。所述治疗肠化生的中药组合物，由如下重量份数的原料制成：熟附片7‑11份、党参18‑22份、炒白术13‑17份、干姜8‑12份、甘草8‑12份、川芎4‑8份、当归10‑14份、海螵蛸18‑22份、刘寄奴7‑11份、隔山消8‑12份、鸡屎藤4‑8份、白花蛇舌草28‑32份、元胡索7‑11份、灵芝7‑11份和三七4‑8份。本发明还公开了上述治疗肠化生的中药组合物的制备方法和应用。本发明的治疗肠化生的中药组合物具有阳化气、益气滋阴、活血化瘀、和胃止痛、逆转肠化生之功效，可用于治疗慢性萎缩性胃炎伴肠化生或异型增生。