本发明提供了一种平面差分电迁移率分析仪‑质谱联用系统和分析方法，包括：电喷雾系统、微型离子化反应室、平面差分电迁移率分析仪、鞘气循环系统、离子传输接口、气溶胶静电计和控制系统；电喷雾系统、微型离子化反应室和平面差分电迁移率分析仪依次相连，鞘气循环系统与平面差分电迁移率分析仪相连，控制系统连接鞘气循环系统，电喷雾系统和平面差分电迁移率分析仪，采集数据并为电喷雾系统和平面差分电迁移率分析仪提供正/负高压，平面差分电迁移率分析仪通过离子传输接口与气溶胶静电计和质谱分析仪器连接，从而实现串联使用；本发明可以实现对电离后的分子/团簇的高效电迁移率筛分、计数以及与质谱的高效联用。