本发明涉及一种电控微扰动电磁滤波结构、调控方法及设备，包括沿空间电磁入射方向依次设置的两层频选结构，每层所述频选结构均包括电致伸缩基层和设置在电致伸缩基层上的频选膜，在两层所述电致伸缩基层上分别加载有方向相反的控制电压，两层电致伸缩基层随加载的相反的控制电压其位移方向相反，两侧频选模随电致伸缩基层移动产生错位，两层频选膜的重叠位置发生改变，形成新的电磁带隙，实现滤波频段的偏移与控制。本发明对空间电磁滤波电路工作频点进行可控调控，主要应用在雷达罩频率切换及电子对抗中，相对于传统空间电磁滤波结构，实现了电可控，相对于新型智能蒙皮结构，更具实现性。