本发明涉及结构搜索程序、结构搜索设备和结构搜索方法。结构搜索程序被配置成搜索其中多个基团链接的化合物的结构，其中计算机执行以下处理：确定包括作为用于使系数值成为预定值的项的约束项的目标函数，所述系数值表示参考三维晶格空间中的多个晶格点中的晶格点之间的距离中的最短距离的基团间距离，基团间距离是布置在第一晶格点处的第一基团与布置在第二晶格点处并且链接至第一基团的第二基团之间的距离；以及通过基于目标函数将多个基团布置在作为多个晶格点的集合的晶格点处，来创建化合物的三维结构。