本发明公开了一种近海内河交汇区沉管隧道施工工艺，包括以下步骤：S1，水上航道交通疏解及沉管隧道基槽开挖清淤施工，沉管隧道基槽分阶段开挖施工，保持至少一侧水上航道的通航畅通；S2，河岸干坞内分批预制沉管管节；S3，沉管管节浮运及沉放安装施工；S4，沉管隧道基槽回填施工，考虑了河流交汇区各河道通航协调的问题，根据浮运方案、水运情况安排基槽分阶段施工，且每个阶段的基槽施工时均保持至少一侧航道通航畅通，从而有效降低施工对于河流交汇区各河道通航所造成的影响，使得河道依然可以保持良好的正常通航状态，另外管节分批预制、浮运、沉放安装有效提高施工效率。