本发明提供一种防治造成果实腐烂的黄皮梢腐病和炭疽病的含纳米锌生物制剂及其制备方法，它由绿色木霉和淡紫拟青霉在含有氯化锌和硫酸锌的液体培养基中发酵并经过超声波破碎后获得的胞内代谢物和2种类型纳米锌、以及萃取的胞外代谢物、植物生长调节剂、成膜剂混匀制成的制剂。该制剂含有可杀灭黄皮梢腐病和炭疽病病原菌生长的纳米锌和绿色木霉及淡紫拟青霉的胞内外代谢产物，也具有提高黄皮果实抗逆性和抑制果实熟化的植物生长调节剂乙二醇缩糠醛和苯肽胺酸，同时该菌剂具有成膜能力，喷施后能在果实表面形成维持25天以上的保护膜，该膜能保持菌剂中的内含物质长期附着在果实表面，对内杀灭果实表面病原菌对外阻隔病原菌侵染。