本发明涉及一种水下航行体表面层流区壁面脉动压力频谱预测方法，包括以下步骤：确定拟分析的水下航行体表面的层流基本流；获得水下航行体表面层流基本流边界层内的各频率扰动波幅值沿流向的增长率；对获得的不同频率的扰动波幅值增长率沿流向进行积分，获得各频率扰动波幅值的放大因子；对获得的幅值放大因子，通过转捩判据判断层流区位置，即从边界层前缘开始向下游，各个流向位置的最大幅值放大因子首先达到转捩判据给定的值处为转捩起始位置，转捩起始位置之前为层流区；层流区壁面脉动压力频谱为不同频率压力扰动幅值的相对倍数频谱，对水下航行体表面层流区的各位置上，扰动波的壁面脉动压力幅值的放大倍数进行计算。