本发明属于配电网继电保护技术领域，提供了一种基于有效过零点的配电网差动保护数据同步方法及系统。其中，该方法包括获取流过被保护馈线两侧保护装置的三相电流；以所述三相电流满足各个保护装置的启动判据的时刻作为相应启动时刻；以两侧保护装置的启动时刻为起始时刻，分别计算相应侧电流相量值及向历史时间方向寻找相应侧电流过零点；根据两侧保护装置的交互信息来判断过零点的有效性；计算两侧保护装置的启零时差；其中，启零时差为相应侧保护装置的启动时刻与第一个有效过零点的时间差；通过两侧电流相量值和启零时差来构造含相位同步校正的电流差动保护判据，若判据满足则视为发生区内故障。