本发明公开了一种用于高通量数字PCR检测的斜置上顶式高斯光片成像系统，其特征在于，包括斜置上顶式高斯光片成像装置、载样器、以及运动机构；所述载样器用于承载多根PCR管至所述斜置上顶式高斯光片成像装置的斜置上顶式样品腔室中，所述多根PCR管呈阵列排布；所述运动机构与载样器相连，用于带动载样器进行按照非直线运动轨迹运动,使得载样器的多根PCR管依次经过高斯光片成像。本发明提供的用于高通量数字PCR检测的斜置上顶式高斯光片成像系统，其通过阵列排布的PCR管载样器，采用二维载样实现载样能力数倍的提升。配合载样器的非直线的运动轨迹，降维为一维，依次完成立体成像。本发明极大的提高了数字PCR检测的通量。