本发明提供了一种非全时半航空瞬变电磁数据运动噪声去除方法及系统，所述方法包括以下步骤：获取时域二次场样本数据，及其采样频率和样本数据周期；将所述二次场样本数据包含的多个半周期样本数据延拓至全时长；对全时长的运动噪声基线进行初步拟合，并通过频谱分析得到期望频率；根据所述期望频率，利用离散傅里叶逆变换反演得到全时长的时域运动噪声；从二次场样本数据中将所获得运动噪声剔除。本发明基于半航空瞬变电磁晚期数据进行运动噪声的拟合并从原始数据中去除，能够有效识别并剔除数据中的运动噪声，去噪效果良好。