本发明属于水产养殖和海洋资源开发技术领域，具体涉及一种巨型深水网箱分层捕鱼装置及其使用方法，包括工作平台、集鱼箱和栅板，栅板水平设置在集鱼箱的内部并可在集鱼箱内上下移动；集鱼箱的顶部为敞口设置，底部为封闭设置且连接有吸鱼管道，吸鱼管道一端与集鱼箱底部相连通，另一端连接有吸鱼泵；集鱼箱的侧壁上设有若干个控制门。该装置结构简单，操作简便，成本较低，适用于巨型深水网箱，尤其适用于内部存在垂直温度分层空间的深水网箱，通过集鱼箱内栅板、集鱼箱上控制门的设置，以及集鱼箱外分隔网的安装，能够结合并考虑鱼类行为学进行捕捞，可将巨型养殖设施中的养殖鱼类按计划、分批次、分层起捕。