本发明属于数据识别、记录载体的处理领域，具体涉及了一种井震联合评价深层古岩溶储层充填特征的方法与系统，旨在解决现有的石油勘探技术无法预测横向变化快的储层、无法识别大范围内复杂盆地碳酸盐岩洞穴型储层的发育特征的问题。本发明包括：获取标准化测井曲线数据；通过混合相位子波反褶积和扩散滤波，获得高精度的三维地震振幅数据体；通过PCA方法分析对所述对储层敏感的特征参数进行降维，获得第一组PCA数据；计算缝洞型储层结构特征；通过解释结论门槛值进行交会分析获得古岩溶洞穴空间展布和不同填充物类型的洞穴内部充填的发育特征。本发明达到识别大范围内复杂盆地碳酸盐岩岩溶洞穴型储层的发育特征的效果提高了刻画的精度。