本发明公开了一种燃料电池系统以及装配工艺，该燃料电池系统包括壳体、以及位于壳体中的中央歧管和2个电堆；2个电堆均与壳体连接，中央歧管设置于2个电堆之间；中央歧管连接于与2个电堆的进气端板上，且中央歧管与进气端板上设置有至少2组定位结构；壳体上设置有装配孔，中央歧管的流体输入管道和流体输出管道通过装配孔伸出于壳体外，流体输入管道与装配孔之间的间隙以及流体输出管道与装配孔之间的间隙均通过至少1个密封件密封。本发明一方面能够实现通过两个较小功率电堆进行功率提升的大功率电堆功率输出，另一方面精确保证适配装置的流体管道之间、适配装置与其他零件之间的适配，且保证燃料电池系统的密封性能。