本发明提供流量比率控制装置及其控制方法、存储介质，该装置具备：从主流道分支的至少两个分支流道；分别设置于两个分支流道并具有位置传感器的第一和第二流体控制阀；存储部，存储将流过主流道的流量以规定的流量比率分配给第一和第二分支流道的阀体的基准位置；流量比率控制部，对第一流体控制阀进行位置控制使其阀体成为基准位置，对第二流体控制阀进行流量控制使流量成为目标流量，控制至少两个分支流道的流量比率，若进行流量控制的第二流体控制阀的阀体的位置到达基准位置，则流量比率控制部切换各流体控制阀的位置控制和流量控制，对第二流体控制阀进行位置控制使其阀体成为基准位置，对第一流体控制阀进行流量控制使流量成为目标流量。