提供一种即使多个推进装置中一部分推进装置发生异常也与通常时一样以船体向操舵装置指定的操船方向移动的形式控制船舶的船舶控制系统，本公开一形态的船舶控制系统，具备执行一部分输出限制操舵控制的处理装置，一部分输出限制操舵控制在船舶所具备的多个推进装置中一部分推进装置的输出受到限制时，获取包括输出受到限制的推进装置是哪一个及输出受到限制的推进装置的上限输出的输出限制信息以及包括操舵装置指定的船体的操船方向的指令信息，基于获取的输出限制信息及指令信息，以船体向操舵装置指定的操船方向移动的形式决定输出未受限制的推进装置的输出的大小及输出的产生方向并决定输出受到限制的推进装置的输出的大小及输出的产生方向。