一种治疗幽门螺杆菌的组合物及其制备方法和应用，水提物制备：黄连和吴茱萸按重量比6:1，加水浸泡煎煮，每次煎煮完成后，过滤，得滤液，再加水重新煎煮，合并三次滤液，浓缩，真空干燥，干燥完成后放置‑20℃冰箱保存备用；溶解药物：将牛蒡子苷元、丹参酮Ⅰ分别称重后溶解于无水乙醇中，使得终浓度为4mg/mL，将制备的水提物称重溶解于无菌水中，使得终浓度为4mg/mL；组合药物：将水提物、牛蒡子苷元、丹参酮Ⅰ按照质量比100:8:8混合在一起，即得到组合物。本发明成功制备一种治疗幽门螺杆菌的中药与中药成分组合物，该组合物在体内体外对幽门螺杆菌均具有明显的抑制作用，且作用专一，毒性低，不容易产生耐药。