本发明公开一种基于心率变异性指标的疲劳驾驶检测方法、系统，其方法部分包括如下步骤：S1、采集心电信号，并在采集过程中控制采样频率并输出放大；S2、心电信号预处理，增大心电信号的波形幅值；S3、利用可自适应变化的双阀值机制对预处理后的心电信号进行R波峰值的解析；S4、提取疲劳驾驶特征，并利用该特征构成心率变异性指标特征矩阵；S5、建立疲劳驾驶数据集并贴上相应的标签；S6、利用所述心率变异性指标特征矩阵和疲劳驾驶数据集训练得出疲劳驾驶检测模型；S7、将检测数据实时输入疲劳驾驶检测模型进行疲劳驾驶的检测，本发明仅仅利用心率变异性这一特征指标来进行判断，较其他技术而言，抗干扰性更好且能够及时的预警驾驶员的疲劳状态。