本发明公开了一种冻土区桩基自动降温系统及降温方法，系统包括缠绕在钢筋笼上的冷却铝管和设置在桩基旁的土样电阻率探测装置，以及低温循环制冷单元和供电单元；冷却铝管的表面设置有多孔陶瓷贴片，低温循环制冷单元包括控制器和制冷器，制冷器与冷却铝管的入口之间连接有供液管，供液管上设置有流量控制阀和第一温度计，制冷器与冷却铝管的出口之间连接有回液管，回液管上设置有循环水泵和第二温度计。本发明系统结构简单，设计合理，实现方便，结合降温方法，能够有效应用在冻土区桩基的降温中，自动化程度和降温效率高，效果显著，便于推广。