本发明提供一种应用栈管理方法、装置、电子设备和存储介质，应用于电子设备，该电子设备运行第一操作系统和以容器化运行在第一操作系统中的第二操作系统，其中方法包括：获取用户对第一目标应用的第一目标操作；第一目标应用为第一操作系统包括的第二操作系统的应用程序；执行第一目标操作；在确定第一目标操作为在第一操作系统的当前应用上触发的操作时，控制第一操作系统调整第一目标应用和当前应用在第一应用栈中的位置。本发明提供的应用栈管理方法、装置、电子设备和存储介质，在第一应用栈中体现了第一操作系统的当前应用和第二操作系统的第一目标应用之间的启动关系，便于第一操作系统根据第一应用栈确定当前桌面需要显示的应用。