本发明提供一种山区通航河道桥梁多灾害防护系统，包括第一、第二和第三防护体系，其中第三防护体系是环绕并密贴桥梁墩柱的刚性护壁，第二防护体系包括若干阻尼耗能护筒，若干护筒沿桥墩纵向设置多层，每层环绕桥墩等距设置多个，每个护筒一端与第一防护体系的护壁通过螺栓连接，第一防护体系包括环绕第二防护体系的每层护筒设置的多个防撞杆，每个防撞杆固定在所述护筒的另一端。本发明对山区航道桥梁中可能遇到的山体滚石、河道中卵(砾)石、漂浮物、航行船舶的撞击以及河水冲刷、周围环境的腐蚀等多种灾害均具备防护功能。