本发明属于医疗数据挖掘领域，具体涉及一种幽门螺杆菌胃部视频全自动智能分析系统及其标记方法，包括图像获取模块、图像预处理模块、有效帧模块、解剖位置定位模块、深度学习模块及标记显示模块，所述图像获取模块用以获取视频流，所述图像预处理模块用以对视频流的图像进行预处理，所述有效帧模块用以对视频流的图像进行分类和筛选，所述解剖位置定位模块用以识别内窥镜当前位于胃内的具体位置，所述深度学习模块用以对不同解剖位置的图片预测幽门螺杆菌感染概率。本发明在测试过程中无需医生踩下踏板输入特定图片进行幽门螺杆菌感染识别，整个过程无需人工介入，可达到全自动化，高度智能化。