本发明公开了一种我国低纬地区电离层闪烁中长期预报方法，包括如下步骤：步骤1，给定日期（月份）和位置，读取同时间的太阳活动指数F10.7；步骤2，分别计算我国低纬地区电离层闪烁出现率随地方时、季节、地磁纬度和太阳活动周的变化：步骤3，计算我国低纬地区电离层闪烁的出现率：步骤4，计算当天闪烁出现率的最大值，并与门限值比较，给出电离层闪烁是否出现的预报。我国南方低纬地区位于磁赤道异常北驼峰附近，电离层闪烁出现频繁且影响较为严重，本发明方法主要是基于长期的GPS电离层闪烁观测数据，实现给定日期和太阳活动水平下，我国低纬地区电离层闪烁是否出现的中长期预报。