本发明提供一种阀阵式连续色谱提纯木糖的方法及系统，提纯方法为：木糖混合液连续加入到多根串联连接的色谱柱的第一设定位色谱柱，在第二设定位色谱柱连续采出提余液，在第三设定位色谱柱中连续加入洗脱液并在第三设定位色谱柱连续采出提取液，其余液体经过其余色谱柱后与木糖混合液一起加入第一设定位色谱柱，按照木糖混合液流动方向，第三设定色谱柱与第一设定位色谱柱的距离大于第二设定位色谱柱与第一设定色谱位的距离，色谱柱在设定的间隔时间进行顺序切换，切换方向与木糖混合液流动方向相反。使用本发明的方法能够很好地将木糖与杂质分离，将木糖溶液的电导率降低约95％、透光提高50％以上。本发明连续进料、洗脱和收集，易于操作。