本发明公开了一种运用生态恢复难度测算技术优化修复投入配置的方法，包括步骤：第一步、对于需要优化投入配置的区域，确定项目实施区内自然条件分区；第二步、以幂指数函数为基础，采取分类累加，构建恢复难度计算模型；第三步、通过恢复难度计算模型，求算各自然条件分区的恢复难度系数；第四步、建立生态修复投入配置优化模型；第五步、将各自然条件分区的恢复难度系数代入生态修复投入配置优化模型，求算各自然条件分区的投入分配结果。本发明公开的一种运用生态恢复难度测算技术优化修复投入配置的方法，其能够科学分配生态修复投入，更好地遵循自然规律，节约修复成本，提高生态修复投入效益。