本发明涉及一种基于实例分割网络的角膜移植缝合操作的AR导航方法及系统，其方法包括：S1：获取角膜手术图像，利用实例分割网络对角膜手术图像的角膜轮廓进行分割，得到角膜缝线和角膜轮廓的分割掩模；S2：根据角膜缝线的分割掩模获取角膜缝线的坐标位置；根据角膜轮廓的分割掩模预测得到最佳角膜缝线位置；S3：将最佳角膜缝线位置与角膜缝线的位置进行对比，判断角膜缝线的位置是否需要重缝；S4：通过AR在当前帧的角膜轮廓图像中叠加标记，标记角膜缝线位置与最佳角膜缝线位置。本发明提供的方法能够在手术中实时追踪角膜缝线与角膜轮廓，根据实时角膜缝线位置与最佳角膜缝线位置进行对比，反馈医生真实角膜缝线的缝合情况，提高手术成功率。