本申请实施例提供一种对逻辑系统设计进行加密仿真的方法、设备及存储介质。该逻辑系统设计包括第一门电路。该方法包括：根据第一门电路的多组输入将第一门电路的多个输出分别加密为多个编码，所述多个编码用于指示所述第一门电路；以及将多个编码发送到云端用于对第一门电路进行仿真，其中，云端包括等效电路模型，多个编码用作等效电路模型的输入，多个编码用作等效电路模型的输入使得等效电路模型仿真第一门电路的功能。本申请实施例保证了在云端对逻辑系统设计进行仿真时该逻辑系统设计不被泄露，从而提高了逻辑系统设计的安全性。