本发明提供一种生物质燃烧炉燃烧控制系统，包括：燃烧室，其设有主风道、二次风道和排烟管道，其中二次风道连通主风道和排烟管道，且主风道内设有风机，二次风道内设有控制阀，排烟管道内设有烟气检测装置；温差发电模块，其热端连接燃烧室、冷端延伸至主风道内；分别连接风机和温差发电模块的蓄电池；以及控制模块，其分别连接烟气检测装置、温差发电模块和控制阀，控制模块用于由烟气检测装置获取检测空燃比，且根据检测空燃比控制温差发电模块为风机供电和控制阀的开合度。本发明的有益效果：实现生物质燃烧炉的用电的供需平衡，节省电能；未充分燃烧的烟气二次燃烧，提高燃烧效率，减小空气污染。