本发明涉及植物抗逆性品种筛选技术领域，具体涉及一种集成萌芽期生长和苗期生理指标高通鉴选植物抗性品种的方法。本发明所述方法是连续监测、收集一个品种在不同逆境水平下的生长状况进行集成计算，具体地，本发明提供的方法采用萌芽期相对芽长和苗期叶片相对气孔导度作为鉴定指标，来判断番茄品种的耐盐性，提供了一种简便、快速、新颖的高通筛选方法。采用本发明所述方法能够高效、准确的筛选出耐盐番茄品种。