本发明公开了一种电力蓄电池在线核容保护系统及其控制方法，所述系统包括蓄电池组、直流电源、可控开关模块、预充电延时模块和保护控制模块，蓄电池组通过可控开关模块与直流电源并联，且通过可控开关模块连接到负载模块，预充电延时模块连接在蓄电池组的正极端与直流电源的正极端之间，保护控制模块用于在在线核容完成时，延时第一预设时间后通过控制预充电延时模块对蓄电池组进行预充电，以及在延时第二预设时间后控制预充电延时模块停止工作，且通过控制可控开关模块，以使直流电源对蓄电池组进行充电。由此，在蓄电池组在线核容完成后，增加预充电延时控制，有效地避免了瞬时大电流和浪涌现象。