本发明涉及一种适用于湖泊深层底泥自动采集装置，包括船体、两个推进器、电池、控制器、GPS定位仪、两个采泥部件、遥控器，其特征在于：两个推进器安装分别在船体底部，电池、控制器和GPS定位仪安装在船体内，两个采泥部件分别垂直安装在船体首尾两端，电池为控制器、GPS定位仪和推进器供电，控制器控制推进器和采泥部件的采泥推进器，遥控器通过无线传输与控制器和GPS定位仪相互传输信号。本采集装置具有精准定位，自动固定于采样点，能够自动采集深层底泥，相比较传统采泥装置的具有很大改进。这对于湖泊生态修复有着重要的意义。