本发明公开了一种用于昆虫共生真菌单细胞分离培养的微流控芯片，涉及微流控芯片技术领域，由上至下分为三层结构，依次为第一层PDMS板、第二层PDMS膜和第三层PDMS板，第一层PDMS板上设有总进样口、总出样口、微腔室出样口和装载有微腔室的培养液通道，每个微腔室包括一直形的微腔室主通道、一半圆形的微腔室侧通道和一微腔室出样通道；第三层PDMS板上设有用于通断微腔室出样通道的外气阀组和用于通断微腔室侧通道的内气阀组；本发明提出一款可用于昆虫共生真菌单细胞分离培养的微流控芯片，集单细胞筛选、培养、分离、变温调控、便于对比实验等功能为一体，能够实现昆虫共生真菌的单细胞培养，过程快速便捷，可实时调控。