本申请公开了一种医疗机构信息管理方法、装置和设备，该方法包括：获取多条第一原始医疗机构主索引信息，利用其中包含的目标数据项对每两条第一原始医疗机构主索引信息进行匹配，得到匹配结果，依据匹配结果对多条第一原始医疗机构主索引信息进行关联，依据多条第一原始医疗机构主索引信息之间的关联关系，确定医疗机构主索引目录和医疗机构主索引信息，通过上述方式，能够自动确定多条原始医疗机构主索引信息中与同一医疗机构对应的信息，并将它们关联起来，并自动对一医疗机构确定一个主索引目录和对应的主索引信息，大大减少了人工对医疗机构信息进行管理的工作量，提高了对医疗机构信息进行管理的效率。