本发明公开了一种基于默克尔树的交易对账方法和系统，包括：对帐双方根据预设的hash算法、交易数据和对账发起时间，生成每笔交易对应的hash值；所述hash值为交易时间段对应的默克尔树的叶子节点；将两个叶子节点的hash值进行哈希运算，生成默克尔树中间节点对应的hash值，将两个中间节点的hash值进行哈希运算，生成默克尔树根节点对应的hash值；比较对帐双方默克尔树根据节点对应的hash值，若比较结果为一致，则对帐结果为平帐；若比较结果为不一致，获取比较结果不一致的叶子节点hash值；根据所述叶子节点hash值，获取对应的交易数据；对账双方根据所述交易数据进行交易对账。解决现有的人工对帐方式，无法快速确定双方交易信息是否一致，导致对账的效率低下的问题。