本发明公开了一种VTE智能防控辅助决策系统，包括：VTE专病本体知识库构建模块，用于构建/更新VTE专病本体知识库；VTE智能预防预警系统，用于实时获取在院患者的临床数据，结合VTE专病本体知识库、临床指南和专家共识，对患者自动进行VTE风险评估，分析得到评估结果和异常项；诊断治疗辅助决策模块，用于根据VTE智能预防预警系统输出的评估结果和异常项，按照临床指南和专家共识，给出相应风险提示和治疗建议。本发明能够通过分析患者住院期间的病历数据，自动进行动态VTE风险评估，实现了VTE的预防、诊断、治疗与管理自动化，降低VTE导致的疾病负担，进一步改善患者预后，提高医疗质量。