本发明属于基因技术领域，更具体地涉及一种用于检测寡核苷酸合成质量的方法，所述方法包括以下步骤：1)合成寡核苷酸，在合成过程中保留未耦合的5’羟基基团不进行封闭，所述寡核苷酸序列包含待测序列；2)对步骤1)合成的寡核苷酸序列进行测序以获得测序数据；3)对步骤2)得到的测序数据进行基因突变信息分析和计算，以获得所述寡核苷酸序列中不同序列占全部序列的比例以及不同位置的碱基的正确、缺失、突变、插入所占的比例。本发明的方法可准确检测寡合苷酸碱基序列的正确性、每一步合成的效率以及每个错误碱基类型和位置。