本发明提供一种自动化生物样本库的冻存系统，包括若干生物样本冻存库；所述生物样本冻存库包括低温冻存区、低温冻存区智能门锁、中低温中转区、中低温中转区智能门锁；还包括云端数据库，设置在冻存管上的磁卡，设置在中低温中转区内的机械手，控制端。本发明涉及一种自动化生物样本库的冻存系统，该系统的控制端中配置有可定期自动获取信息的获取模块，可及时获取操作者在控制端输入的信息，进行生物样本的中转存取，一方面节约操作者的取样时间，另一方面生物样本在中转区可进行一段时间的预解冻，减小直接解冻过程中温度变化对生物样本组织形态造成不可逆的损害，间接提高后期相关实验的稳定性和准确度。