本发明揭示了一种荧光染色抗酸杆菌计数方法及系统，所述荧光染色抗酸杆菌计数系统包括原始图片获取模块、图片切分模块、图形预处理模块、抗酸杆菌识别计数模块及计数汇总模块。原始图片获取模块用以将病理玻片按照操作流程置入病理扫描仪进行扫描，并将扫描图片上传系统；图片切分模块用以将扫描得到的原始图片切分成设定大小的第二图片；图形预处理模块用以对每张第二图片进行图像预处理，包括去噪处理和滤波处理；抗酸杆菌识别计数模块用以对于每张图片i运行抗酸杆菌识别和计数算法，得到抗酸杆菌的读数；计数汇总模块用以汇总所有图片中抗酸杆菌的数量。本发明可提高抗酸杆菌计数的效率及精确度；同时可降低病理医生的劳动强度。