本发明公开了一种痕量金属表层海水取水系统及方法和取水系统的使用方法，取水系统包括舷侧手动阀组、取水泵、三通遥控阀、排舷外遥控阀、用户端遥控阀和控制多种遥控阀的控制系统；舷侧手动阀组、取水泵、三通遥控阀和排舷外遥控阀通过管路依次连接；三通遥控阀与用户端遥控阀连接；管路中设有流量传感器和压力传感器；管路上还设有消毒装置。本发明可以为船上实验室用户提供未经处理过的痕量金属表层海水，且取水系统选用尽可能不与海水发生化学反应的材质制造，确保提供到实验室用户的海水为当前海域原始状态的痕量金属表层海水。提供给用户的海水可以不间断且可随时立即提供。