本发明揭示了一种企事业单位智能防疫控制系统，其包括导入内部人员基本信息，包括姓名、联系方式、身份证号码以及照片；在防空区间的入口处采集进入人员的人脸和体温；进行体温判断和人脸对比，对于体温正常的内部人员，自动记录时间和体温，根据联系方式自动查询行程轨迹，根据身份证号码自动查询健康码，并定时上报；对于体温正常的访客，则记录时间、体温以及照片；对于体温异常的内部人员，则自动记录相关信息后立刻上报并通知管控人员；对于体温异常的访客，则立即上报数据并通知管控人员；最后生成防疫日报。本发明可自动进行人脸识别、体温测量、获取行程轨迹信息和健康码数据，并进行数据的实时上报，自动生成防疫日报实现智能防疫控制。