本发明涉及一种用于核素自动化固相萃取的分离纯化系统。采用本发明所提供的系统，可以采用注射泵正压方式精准控制洗涤溶液、洗脱溶液的加入量，同时精准控制洗涤溶液、洗脱溶液的流速；采用样品溶液上置的方案确保样品溶液能够完全通过树脂柱；通过三通电磁阀将样品溶液和洗涤溶液、洗脱溶液的管路分开，可避免堵塞树脂柱造成样品分析的失败。本发明实施方式采用可便利更换的管路设计，使得每次实验后能快速更换容易交叉污染的管道，有效的避免了不同样品间的交叉污染。此外，本发明所提供的系统采用独特的自动控制方式，使得系统软硬件设计复杂度降低，最大限度地保证了系统长期运行的稳定性。