本发明公开了采用石蜡切片方式的免疫组化标本处理装置及处理方法，处理装置包括机架、孵育仓模组、进给机构、加样扫描部件和控制单元，该孵育仓模组包括多个孵育仓且多个孵育仓分为多个标本处理区，每个标本处理区包括至少一个孵育仓，该孵育仓包括孵育座，该孵育座设储液槽、加热器和温度传感器，该储液槽内置放有带载片的载片模组，该控制单元连接各孵育仓的加热器和温度传感器且独立控制各标本处理区以分区处理标本；该孵育仓模组的多个标本处理区共用进给机构和加样扫描部件。它具有如下优点：各区独立运行，互不干扰，能分区、分批次处理，能实现不同时间、不同环境及不同试验条件下完成测。