本发明公开了一种提高低氧条件下直播稻种子发芽率的方法，将内裹膜与外覆膜分别加水搅拌均匀得到内裹膜剂与外覆膜剂备用；将经过特殊预处理的水稻种子与内裹膜剂混合包衣，自然放置2～3小时，结束后再与外覆膜剂混合包衣，结束后置于低温烘干机内烘干处理；测定烘干后的包衣水稻种子含水率合格后进行防水包装储存。本发明采用独有的水稻种子预处理工艺，同时严格限制了包衣时包衣剂与水稻种子的质量比为(1.8～2.2):1，特制得的包衣剂联合特定的水稻种子前处理工艺，能有效提升水稻种子在低氧条件下的发芽率、发芽指数与活力指数，降低水稻种子的发霉率。解决了降雨量过大、田面坑洼积水及覆土过厚导致的缺氧问题，为水稻的增收增产提供了可靠保证。