本发明实施例提供了一种云应用程序运行方法、系统及装置，涉及云技术领域，虚拟机中运行有目标云应用程序，客户端获取目标云应用程序的运行界面中的多点触控操作的原始操作数据；按照预设通信协议对原始操作数据进行封装，得到目标操作数据；向服务端发送目标操作数据。服务端按照预设通信协议对目标操作数据进行解封装，得到原始操作数据；向虚拟机发送原始操作数据；虚拟机通过虚拟多点触控部件对原始操作数据进行处理，得到符合多点触控协议的标准操作数据；通过虚拟机的应用层，在目标云应用程序中响应标准操作数据。基于上述处理，使得目标云应用程序能够响应用户的多点触控操作。